В 1815 году Станюкович командовал 44-пушечным фрегатом
"Архипелаг" для перегона его из Кронштадта в голландский порт Роттердам и на обратном пути командовал фрегатом
"Аргус". 26 ноября 1816 года
за проведение 18 морских полугодовых кампаний награждён
орденом св. Георгия 4-й степени (№ 3291 по кавалерскому списку Григоровича — Степанова). В 1817 году Михаил Николаевич был переведён в Черноморский флот и назначен командиром 16-пушечного брига "
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]. В 1818 году произведён в капитан-лейтенанты.
В 1826—1829 годах, командуя шлюпом
"Моллер", совершил кругосветное плавание, во время которого на широте 25° северной широты и 188° восточной долготы открыл
остров Лайсан, названный им
островом Моллера, а также
атолл Куре, сделал опись значительной части
берегов Аляски и определил астрономическое положение многих островов в Тихом океане. В ходе плавания на корабле служил мичманом будущий контр-адмирал русского флота
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]. Ещё до окончания этого путешествия, 2 декабря 1827 года, М.Н. Станюкович был произведён в капитаны 2-го ранга.
В марте 1831 года командуя 30-пушечным транспортом
"Двина" Станюкович совершил переход из Архангельска в Кронштадт. 25 июня 1831 года Михаил Николаевич был произведён в чин капитана 1-го ранга, а 30 августа того же года назначен командиром новопостроенного 52-пушечного фрегата
"Кастор", на котором в начале 1832 года он совершил переход из Архангельска в Кронштадт. В сентябре 1832 года Станюкович назначен командиром 74-пушечного корабля "
Великий князь Михаил" и командиром 13-го флотского экипажа. 1 января 1837 года Михаил Николаевич был произведён в чин контр-адмирала с назначением командиром 2-й бригады 4-й флотской дивизии. Имея последовательно свой флаг на корабле
"Императрица Екатерина ІI", фрегатах
"Бургас" и
"Агатополь", Станюкович в 1837—1838 годах крейсировал у абхазских берегов и перевозил войска из укрепления Шапсухо к устью реки Целис.
Состоя с 1 января 1839 года командиром 2-й бригады 5-й флотской дивизии, он на 84-пушечных кораблях
"Султан-Махмуд" и
"Силистрия" крейсировал у кавказских берегов и во главе небольшой эскадры сыграл выдающуюся роль в подавлении сопротивления, оказанном горцам при занятии Субаши; отряд его, состоявший из 84-пушечного корабля
"Трёх Иерархов", 60-пушечного фрегата
"Агатополь", шхуны
"Смелая" и тендера
"Нырок", держась на расстоянии ружейного выстрела от кавказского берега, картечными зарядами разрушал завалы горцев и очищал путь русскому сухопутному отряду генерала
Анрепа от укрепления Св. Духа до порта Навагинского. 25 мая 1839 года Михаил Станюкович награждается
орденом Св. Владимира 3-й степени, а в 1840 году награждён
орденом Св. Станислава 1-й степени.
В 1842—1843 годах Станюкович на своей эскадре перевозил десантные войска из Одессы в Севастополь и обратно, 12 августа 1844 года был назначен командующим всей 5-й дивизии, 30 августа 1848 года произведён в вице-адмиралы с утверждением в занимаемой должности. В 1850 году Михаил Станюкович награждается
орденом Св. Владимира 2-й степени. 30 марта 1852 года Станюкович назначен командиром Севастопольского порта и исправляющего должность военного губернатора в Севастополе. Высочайшей грамотой, датированной 23 декабря 1853 года, вице-адмирал Станюкович был всемилостивейше пожалован
кавалером ордена Белого Орла. 16 июня 1854 года по случаю пятидесятилетия отлично-усердной и полезной службы Михаил Николаевич удостоился
Высочайшего рескрипта и был пожалован
алмазной табакеркой.
Всё время Севастопольской обороны находился в осаждённом городе. В этой должности он пробыл до 27 марта 1855 года, когда состоялся его перевод его из Севастополя в Санкт-Петербург с назначением в члены Адмиралтейств-совета, 26 августа 1856 года произведён в полные адмиралы. 23 апреля 1862 года был уволен в отпуск для поправления здоровья.
Михаил Николаевич Станюкович умер 29 декабря 1869 года. Похоронен на Старом городском кладбище в Севастополе.