Барк «Крузенштерн» был построен на верфях Теленборг в Везермюнде (ныне Бремерхафен). Судно было спущено на воду в 1926 году и названо "Падуя" (нем. Padua). "Падуя" принадлежала к знаменитой серии парусных судов, которые имели общее название «Летающая Линия П» (Flying-P-Liner) и пренадлежали судоходной компании Фердинанда Лайеша. Падуя, как и все "Летающие П" носила голубой вымпел с инициалами фирмы "FL". Это последний типичный винджаммер, спущенный на воду в классическую эпоху винджаммеров.
В свой первый рейс "Падуя" вышла под командованием капитана Карла Шуберга - опытного моряка, впервые обогнувшего мыс Горн в 16-летнем возрасте.30 августа 1926 года новый винджаммер покинул Гамбург. В его трюмах находился груз для одной из строительных компаний в Вальпараисо - 290 бочек карбида и извести, 7200 мешков цемента и других материалов. 12 сентября судно миновало мыс Лизард. а 24 ноября бросило якорь в заливе Куирикина. Таким образом, от Ла-Манша до берегов Чили "Падуя" шла 74 дня - для 20-х годов это был хороший результат. В обратный путь парусник вышел из Тальталя 4 января 1927 года и прибыл в голландский порт Дельфзейл 11 апреля. Второй "нитратный" рейс "Падуи" подтвердил ее отличные мореходные и скоростные качества. Барк миновал остров Уэссан 26 июня и пришел в Талькауано 4 сентября - через 71 день. Возвращение в Европу с грузом селитры заняло 86 дней (от Икике до Лизарда). В третьем рейсе, совершенном в 1928 году с новым капитаном Германном Пинингом, маршрут Лизард - Талькауано был пройден за 73 дня, Мехильонес - Лизард - за 71, что было небывалым достижением для тех времен.Всего в 1926-1932 годах барк "Падуя" совершил 8 плаваний к берегам Чили. Лучший из переходов, который можно причислить к рекордам "золотого века" винджаммеров, состоялся зимой 1930-31 года под командованием капитана Роберта Клаусса. Путь от Гамбурга до Талькауано занял всего 70 суток. Клаусе, будучи отчаянным гонщиком, в следующем рейсе пытался побить собственный рекорд, но эта попытка завершилась несчастьем: у мыса Горн 4 человека из экипажа барка были смыты за борт и погибли.
В 1932 году перевозка чилийской селитры на "нитратных клиперах" перестала приносить прибыль. Вместе с основными конкурентами (винджаммерами Густава Эрикссона) на австралийскую линию перешли и оба оставшихся у Лайеша четырехмачтовых барка. 31 октября 1933 года "Падуя" под командованием капитана Юргена Юрса отправилась в свое 9-е плавание.Дабы привлечь внимание к рейсу, между барками "Падуя" и "Привалл" было устроено соревнование, и капитаны выжимали из своих судов все возможное. В январе 1934 года оба судна бросили якорь в заливе Спенсер: "Привалл" через 62 дня после выхода из Ла-Манша, "Падуя" - через 63. Оба результата казались невероятными - ведь даже знаменитый клипер "Катти Сарк" не преодолевал этот путь быстрее, чем за 64 дня! Лишь абсолютный рекордсмен "шерстяной" линии клипер "Фермопилы" в 1868-1871 годах ухитрялся дважды пройти от Лондона до Мельбурна за 60 дней, но нельзя забывать: по такому важному показателю, как отношение площади парусов к тоннажу, он превосходил четырехмачтовые винджаммеры в два с лишним раза! Отлично прошел и следующий, 10-й рейс "Падуи". Барк миновал мыс Лизард 27 октября 1934 года и прибыл в Порт-Викторию 6 января следующего - через 71 день.
Триумфальные плавания "Привалла" и "Падуи" инициировали всплеск интереса к подзабытым винджаммерам Лайеша. О состязании парусников в "пшеничных" гонках капитан Клаусе написал захватывающий очерк "Вокруг мыса Доброй Надежды в Австралию", получивший в Германии широкую известность. А следующее, 11-е плавание "Падуи" имело исключительно пропагандистские цели - это был специальный "кинематографический" рейс. Капитаном барка вновь назначили Р. Клаусса; с 10 октября по 28 декабря 1935 года судно совершило рекламный круиз из Гамбурга в Касабланку и обратно с заходами в Лиссабон и Брест. Снятый за это время документальный фильм сохранился как ценный документ ушедшей эпохи, дающий прекрасное представление о ныне забытом мастерстве, с которым команда управляла многочисленными парусами. После своего "кинематографического" круиза "Падуя" вновь была переведена на "нитратную" линию. В 1936 - 1938 годах она под командованием Р.Клаусса и Ю.Юрса совершила 4 рейса в Чили, не принесших, впрочем, прибыли. Последнее предвоенное плавание парусника состоялось под командованием нового капитана Рихарда Вендта. 14 октября 1938 года барк ушел из Бремена и 22 декабря прибыл в чилийский порт Корраль. Приняв в трюмы селитру, он 14 января следующего года вышел из Вальпараисо, пересек Тихий океан и 8 марта прибыл в австралийский Порт-Линкольн. В Европу "Падуя" возвращалась с грузом зерна. 5 июля 1939 года она пришла в Фастнет,после разгрузки в Глазго, винджаммер стал на якорь в Куксхафене.Первые месяцы после начала войны "Падуя" находилась в Гамбурге, в мае 1940 года ее перевели на Балтику, подальше от боевых действий. Там она участвовала в съемках художественного фильма, а осенью сделала рейс из Таллина в Штеттин с грузом леса. Между прочим, это был единственный визит немецкого винджаммера в СССР. После нападения Германии на Советский Союз "Падуя" долгое время находилась в отстое. В апреле 1943 года барк перешел в Ригу, где вместе с парусниками "Дойчланд" и "Коммодор Йонсен" служил стационарным учебным судном. В феврале 1944-го его отбуксировали в Данию, а затем во Фленсбург, где он простоял до конца войны.
После окончания Второй мировой войны от флота винджаммеров остались жалкие осколки. Немецкие "Падуя" и "Коммодор Йонсен" (ныне барк "Седов") в январе 1946 года были переданы по репарациям СССР, отбуксированы в Ленинград и поставлены на прикол. В январе 1946 года на «Падуе» подняли советский флаг и судну дали имя «Крузенштерн», в честь руководителя первого русского кругосветного плавания адмирала Ивана Федоровича Крузенштерна, выдающегося моряка, ученого и воспитателя нескольких поколений русских моряков; имя его встречается на карте мира много раз. Однако, целесообразность восстановления барка вызывала сомнения и только усилиями энтузиастов барк удалось сохранить и привести в рабочее состояние. Свое первое плавание в качестве советского судна "Крузенштерн" совершил в 1955 году к острову Сескар. В 1959-61 судно притерпело капитальный ремонт в Кронштадте, в ходе которого на «Крузенштерне» установили два вспомогательных восьмицилиндровых дизеля мощностью по 800 л.с. в двухвальной установке, и он перестал быть типичным винджаммером. Скорость барка под парусами в сильный ветер достигает 15-16 узлов, а в штиль, при включенных вспомогательных двигателях - 8-9 узлов. В том же году корабль вновь вышел в море, и за пять последующих лет совершил несколько научно-исследовательских и учебных рейсов, посетил множество портов, в том числе Бермудские острова и Ямайку. В 1968-1971 на судно установили новейшеее оборудование, в том числе спутниковую систему навигации. Первоначально в СССР "Крузенштерн" был приписан к порту Рига, затем, с 1981 года, — к порту Таллин, а с 1991 года — к порту Калининград.
Впервые барк принял участие в международных соревнованиях в 1974 году. Регата была организована STA (Sail Training Assotiation или Парусной учебной ассоциации), и носила название "операция Парус". Гонка посвящались 30-летию Польской Народной Республики. Маршрут был проложен в Балтийском море от столицы Дании Копенгагена до польского порта Гдыня. В этих соревнованиях участвовало 37 судов, из них шесть крупных парусных с прямым вооружением. «Крузенштерн» не занял первого места - ни трасса, ни погода не способствовали этому (первое место занял барк Херсонского мореходного училища «Товарищ»). Однако единодушным решением капитанов и участников операции «Парус-74» экипажу судна за активное участие на всех этапах был присужден переходящий приз - серебряная модель знаменитого клипера «Катти Сарк». Спустя 2 года, в 1976, барк прошел по маршруту Плимут - Санта-Крус-де-Тенерифе - Бермуды - Ньюпорт, и занял в гонке второе место. В ходе этой регаты барк посетил Нью-Йорк и участвовал в морском параде в честь 200-летия США. В 1981-84 судно прошло очередную модернизацию, после чего участвовал в гонке из Канады в Ливерпуль и,выдержав жестокий шторм, занял первое место. В 1992 году Крузенштерн триумфально победил в Регате "Гранд Колумбус" на маршруте Бостон - Ливерпуль, развив рекордные 17,4 узла (32,4 км/час). В честь 300-летия российского флота барк в 1995-96 совершил кругосветное плавание. В 2000 году Крузенштерн выиграл трансатлантическую регату "Миллениум".
Ныне барк "Крузенштерн" принадлежит Балтийской государственной академии рыбопромыслового флота России и используется в учебных целях. Барк регулярно участвует в международных парусных регатах. Сегодня капитаном судна является Новиков Михаил Вячеславович. За годы службы под советским и российским флагом на борту последнего винджаммера прошли практику свыше 10 тыс. курсантов.