[Long John Silver]

Пиратская линейка. То что ГГ - лопух уже писали выше. По квесту капитана Гудли (охота на Джона Эйвори) - ну хотя бы удосужился у кого-нибудь спросить, кто Эйвори такой! Ну верх идиотизма!

Убить всех нищих. Есть всякая нечисть и мистика в игре и ладно, но зачем ко всему этому подключать целые государства (или даже их конторы), занимающиеся поисками каких-то баснословных островов и сокровищ?..

Национальные линейки. Финальные квесты по захвату колоний - зачем?! Пираты, как правило, делали вылазки на колонии, "прикрывшись" при этом каперскими грамотами или любыми другими документами. Но передача колонии в подданство другой стране (или же захват её себе, что ещё лучше)... Смысла в этом нету. Добыча, тем более, при этом совсем мизерная.

История Прекрасной Изабеллы. По-моему, не хватает альтернативных концовок.