Первая англо-голландская война
В самом начале Первой англо-голландской войны Йохан Эвертсен всё ещё держался в стороне от Витте де Витта, который считал его оранжистом. Но после поражения де Витта в сражении при Кентиш-Нок и замены его на
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться], Йохан Эвертсен был восстановлен в должности командующего эскадрой и помог достичь победы в сражении у мыса Дандженесс, выведя флагманский корабль Тромпа из-под атаки англичан.
Позднее в 1653 году он участвовал в Портлендском сражении и в сражении при Габбарде, которые закончились поражением.
В последнем в этой войне сражении при Схевенинге, которое также было проиграно, Тромп был убит. Корабль Эвертсена был так сильно повреждён, что он вынужден был выйти из битвы, оставив командование Витте де Витту. Эвертсен вновь был обвинён де Виттом в трусости, и более не привлекался к командованию в течение следующих пяти лет.
Только в мае 1659 года, после смерти де Витта, он служит под началом
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] на флоте, который помогал
Якобу ван Вассенару Обдаму отвоёвывать Датские острова после победы в сражении при Эресунне, в котором де Витт был убит.
Вторая англо-голландская война
Несмотря на свои годы, Йохан Эвертсен стал третьим командующим флотом, который противостоял англичанам в сражении при Лоустофте. Битва была крайне неудачна для голландцев, первый и второй командующие, Якоб ван Вассенар Обдам и
Эгберт Бартоломеус Кортенар, были убиты. Эвертсен взял командование на себя, но неразбериха на голландском флоте была столь велика, что
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] тоже поддался ей, ошибочно полагая, что Эвертсен тоже уже убит. К вечеру весь уцелевший голландский флот отступил с места сражения.
Йохан был вызван в Гаагу. Когда он прибыл туда, разъярённая толпа вытащила его из кареты, избила и бросила в воду со связанными руками и ногами. Он спасся, зацепившись за киль судна. Его должны были сопровождать под охраной вооружённого отряда в Ден-Хелдер, где должны были судить за трусость.
Но командующие флотом вступились за него, и когда выяснилось, что Эвертсен предотвратил худшее, прикрывая отступление флота, получив при этом 150 попаданий в свой корабль, он был освобождён из заключения.
Когда его брат Корнелис Эвертсен-старший был убит в Четырёхдневном сражении, Йохан прибыл на флот и взял на себя командование авангардом де Рюйтера. Он был убит в первый день сражения в день Святого Иакова.
Оба брата, после долгих споров между Адмиралтейством и семьёй из-за расходов, были похоронены в 1681 году в аббатстве Мидделбурга, где до сих пор можно видеть их общий надгробный памятник.