После 1636 года он вернулся на службу в военно-морском флоте; 18 февраля он вместе с
Йоханом Эвертсеном принудил дюнкеркского капера
Якоба Колларта к капитуляции; он был награжден
почётной золотой цепью и должностью командующего и 3 мая 1637 года был назначен контр-адмиралом (более низкий ранг, чем он обладал в Голландской Вест-Индской компании, поскольку это не влекло за собой эквивалентный ранг военно-морского флота). С 1 октября 1637 года по 11 января 1638 года он был временным вице-адмиралом. В 1639 году он снова контр-адмирал, служащий под началом лейтенант-адмирала
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться], когда он участвовал в первой стычке (инцидент от 18 сентября 1639 года) против большого испанского флота в Ла-Манше и в последующем сражении у Даунса. Он подошёл со своими двенадцатью кораблями в разгар битвы, которая началась 28 сентября, чтобы помочь Тромпу, и тогда Банкерт, кстати, очень успешно боролся против превосходящих сил испанцев.
В 1645 году он вернулся на службу в Голландской Вест-Индской компании. Он снова получил звание действующего вице-адмирала 10 декабря 1646 года, командуя флотом из 52 судов. Голландцы в Бразилии были проигравшей стороной и Банкерт попытался переломить ход событий безжалостным и жестоким актом. Индейские племена, которые выбрали сторону противника, были побеждены и многие из них убиты, а 250 пленных он приказал прибить на стенах своего корабля, чтобы устрашить врагов, оставшихся в живых. В 1647 году он умер на обратном пути из Бразилии. Незадолго до своей смерти он жаловался, что не смог покаяться за всё множество совершённых им грехов. Его сыновья Ян и Йост воспротивились тому, чтобы их отец был похоронен в море, оставив труп, завёрнутый в холст, лежать в полностью просмоленном гробу. Таким образом Банкерт, несмотря на всё более настойчивые протесты экипажа во время плавания, все же был погребён во Флиссингене.
Семья
Йост Банкерт был женат на Адриане Янссен и жил во Флиссингене. У него было, по крайней мере, три сына. Самым старшим был
Йост Банкерт-младший, который был убит в 1653 году в Портлендском сражении против англичан. Средним был знаменитый позднее лейтенант-адмирал
Адриан Банкерт. Самым младшим был капитан
Ян Банкерт, который был убит в 1665 году на
Delft в Лоустофтском сражении. В некоторых книгах его иногда путают со его вторым сыном. Он, а не его второй сын, "Банкерт" в гимне Зеландии. Для того, чтобы отличить его от менее известного первого сына, историки называли его иногда "Йост Банкерт-старший". Его оригинальной фамилией было ван Траппен; он был "крещён морем" как Банкерт.