3 мая 1805 года – командир 30-пушечного корвета
John Adams, 15 мая атаковал и захватил 20-пушечный триполитанский корабль
Meshouda, направляющийся в Триполи с грузом оружия и боеприпасов, 22 мая 1805 года награждён чином коммодора и сменил коммодора
Сэмуеля Баррона на посту командующего Средиземноморским эскадроном. Успешно действовал в этом регионе в течение двух лет, сумел добиться постоянного мира и освобождения 300 пленных американских офицеров и моряков, летом 1806 года возвратился в Соединённые Штаты и в 1807 году был назначен командиром флотилии канонерских лодок в Нью-Йорке.
В 1811 году – командир 44-пушечного фрегата
President, совместно с фрегатом
Argus патрулировал побережье Атлантического океана, 16 мая 1811 года у берегов северной Каролины атаковал и потопил британский 20-пушечный шлюп
Little Belt капитана
Артура Бингхэма – англичане потеряли 13 моряков убитыми и 19 ранеными, что стало одной из причин англо-американской войны 1812 года.
После объявления войны 18 июня 1812 года отплыл из Нью-Йорка во главе морского эскадрона (фрегаты
United States коммодора
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] и
Congress капитана
Смита, бриги
Hornet и
Argus), 23 июня 1812 года получил тяжёлое ранение в ногу при преследовании британского 36-пушечного фрегата
Belvidera (английское ядро убило гардемарина и ранило ещё 13 человек). Крейсировал в Северной Атлантике до августа 1812 года, беспокоя британские торговые суда, захватил 23 приза, в сентябре 1814 года оказал значительную поддержку американской сухопутной армии при обороне Балтимора.
В 1815 году – президент Военно-Морского Правления Специальных Уполномоченных, с ноября 1824 года по май 1827 года вновь командовал военно-морским эскадроном в Средиземном море, держал флаг на борту 74-пушечного линейного корабля
North Carolina, в мае 1837 года вышел в отставку.
Умер Джон Роджерс 1 августа 1838 года в Филадельфии в возрасте 67 лет.